Uża dan il-kalkolatur tal-koeffiċjent tat-tnissil individwali biex tagħmel stima tad-diversità ġenetika minn numru ta' analiżi tal-annimali. Din l-għodda tgħin biex tevalwa l-proporzjon ta 'markaturi eterozigoti fi profil ġenetiku u tista' tintuża bħala indikatur meta tirrevedi t-tnissil mill-konsamenza fil-klieb, qtates u żwiemel.
Daħħal in-numru ta' analiżi hawn taħt biex tikkalkula l-perċentwal ta' markaturi awtosomali eterozigoti bbażati fuq id-dejta SNP disponibbli.
Ikkalkula l-koeffiċjent tat-tnissil individwali
Xi jfisser inbreeding?
Inbreeding jirreferi għall-preżenza ta 'żewġ alleli differenti f'markatur ġenetiku. Fil-ġenetika tal-popolazzjoni u l-analiżi tat-tnissil, proporzjon ogħla ta 'markaturi eterozigoti huwa ġeneralment assoċjat ma' diversità ġenetika akbar, filwaqt li proporzjon aktar baxx jista 'jirrifletti żieda fir-relazzjoni.
Dan il-kalkolatur jirrevedi markaturi awtosomali SNP eliġibbli u jkejjel kemm minnhom huma eterozigoti. Ir-riżultat jintwera kemm bħala proporzjon kif ukoll bħala persentaġġ biex l-interpretazzjoni tkun aktar faċli.
Kif jaħdem il-kalkulatur
- Jingħaddu biss markaturi awtosomali SNP.
- Markers marbuta mas-sess bħal X, Y u Amelogenin huma esklużi.
- Ġenotipi validi biss fil-forma A/A, A/T, A/G, A/C, T/T, T/G, T/C, G/G, G/C, C/C huma inklużi.
- Ir-riżultat finali juri n-numru ta 'markaturi eterozigoti diviż bin-numru totali ta' markaturi magħduda.
Kif tinterpreta r-riżultat
Il-perċentwal muri minn din l-għodda huwa indikatur tal-eterozigożità fil-livell tal-markatur għall-annimal magħżul. Jista' jkun utli meta jitqabblu individwi jew tiġi riveduta d-diversità ġenetika, iżda għandha tiġi interpretata flimkien ma' informazzjoni dwar l-arranġament, objettivi tat-tnissil u, meta rilevanti, analiżi tar-riskju tal-mard.
Għal deċiżjonijiet tat-tnissil, dan ir-riżultat individwali jista 'jikkumplimenta reviżjoni usa' ta ' għodod tal-koeffiċjent tal-inbreeding, tbassir tal-wirt ġenetiku u l-kuntest ġenetiku speċifiku għar-razza tiegħek.
Mistoqsijiet ta' spiss
X'tkejjel dan il-kalkulatur?
Din l-għodda tkejjel il-proporzjon ta 'markaturi awtosomali SNP eterozigoti fil-profil ġenetiku disponibbli għal annimal wieħed u tesprimi r-riżultat bħala proporzjon u persentaġġ.
L-eterozigożità hija l-istess bħal koeffiċjent ta' inbreeding?
Mhux eżattament. L-eterozigożità hija kejl ibbażat fuq markatur ta' varjazzjoni ġenetika, filwaqt li l-koeffiċjent ta' inbreeding huwa stima bbażata fuq il-probabbiltà tar-relazzjoni jew l-identità skond id-dixxendenza. Huma kunċetti relatati, iżda mhumiex interkambjabbli.
Nista' nuża din l-għodda għall-klieb, il-qtates u ż-żwiemel?
Iva. Dan il-kalkolatur jista' jintuża meta data SNP kompatibbli tkun disponibbli għal klieb, qtates u żwiemel.
Għaliex xi markaturi huma esklużi mill-kalkolu?
Markers marbuta mas-sess u ġenotipi invalidi jew mhux kompluti huma esklużi biex iżommu l-kalkolu ffukat fuq markaturi awtosomali SNP validi biss.
X'inhu l-Koeffiċjent tal-Inbreeding (koeffiċjent tal-Inbreeding)?
Il-koeffiċjent ta 'l-inbreeding jistma kemm huma ġenetikament simili l-ġenituri ta' annimal. Fil-klieb, il-qtates u ż-żwiemel, koeffiċjent ogħla ta’ inbreeding ġeneralment jirrifletti diversità ġenetika aktar baxxa, filwaqt li koeffiċjent ta’ inbreeding aktar baxx normalment jindika diversità akbar.
Għaliex huwa importanti l-koeffiċjent tal-inbreeding
il-koeffiċjent tal-inbreeding jgħin lil dawk li jrabbu u lis-sidien jifhmu aħjar id-diversità ġenetika. Jista 'jkun utli meta tippjana t-tgħammir, timmonitorja programmi ta' tgħammir, u tinterpreta r-riskju li jintiret fil-kuntest usa' tad-diversità tal-popolazzjoni.
Pedigree koeffiċjent tat-tnissil ġenomic vs koeffiċjent ġenomic ta' inbreeding
Koeffiċjent tat-tnissil bbażat fuq ir-razza hija kkalkulata minn antenati rreġistrati. Koeffiċjent ġenomic ta' inbreeding huwa kkalkulat direttament mid-dejta tad-DNA. Il-koeffiċjent ta 'l-inbreeding ġenomic jista' jipprovdi ħarsa aktar diretta ta 'xebh ġenetiku reali minħabba li jkejjel il-varjazzjoni osservata fil-ġenoma ta' l-annimal.
Kif nikkalkulawha
L-analiżi tagħna tuża markaturi SNP validati madwar il-ġenoma biex tistma l-inbreeding u d-diversità ġenetika. Dan l-approċċ ibbażat fuq SNP huwa ddisinjat biex jipprovdi stima ġenomika robusta aktar milli tiddependi biss fuq ir-rekords tal-pedigree.
Marker kwalità u standards
Aħna nużaw markaturi tad-DNA validati fil-laboratorju u metodi ta' ġenotipi ta' kwalità kkontrollati. Meta rilevanti, il-flussi tax-xogħol tagħna huma allinjati ma 'standards rikonoxxuti ta' ttestjar ġenetiku, inklużi approċċi kompatibbli mal-ISAG għall-kwalità tal-markatur, l-affidabbiltà tal-ġenotipi u l-interpretazzjoni.
Nota ta' interpretazzjoni importanti
il-koeffiċjent ta' inbreeding huwa għodda ta' stima u m'għandux jiġi interpretat b'mod iżolat. Ir-riżultat għandu jitqies flimkien mal-kuntest tar-razza, l-informazzjoni dwar ir-razza meta disponibbli, ir-riżultati tal-iskrinjar tas-saħħa, u l-għanijiet tat-tnissil.